Одна из главных целей терапии на биологическом уровне - это соматоневрологические последствия токсических эффектов психоактивных веществ. Зачастую приходится сталкиваться с несколькими группами симптомов, требующими назначения комплекса фармакологических препаратов. Токсическое действие одурманивающих веществ распространяется на многие внутренние органы, нарушая способность адаптации организма к внешним и внутренним воздействиям, на этой почве возникает целый ряд сопутствующих заболеваний (например, токсический гепатит, панкреатит, кардиомиопатия, энцефалопатия и т.д.). И как правило, пациент, прервавший своё лечение на дезинтоксикационном этапе, подвержен высоким рискам взаимодействия с факторами заболевания (триггерами), приводящими к срыву.  
Ещё одна цель биологической терапии – борьба с симптомами постабстинентного состояния уже в трезвости, так как в первые 6 месяцев воздержания от ПАВ могут в разной степени проявляться такие последствия употребления  как нарушения мышления и памяти, перепады настроения, нарушение сна, проблемы с физической координацией и адаптацией к стрессу.